普遍认为珠江三角洲存在上、下两个海侵-海退旋回。尽管研究已近百年，但对于下旋回的年代依然有3～5万年（MIS3）和12万年左右（MIS5）两种截然不同的认识，由于两者的时代相差一倍多，古海面高度也有很大差异，导致对三角洲海水进退过程、环境变迁历史以及新构造运动强度的认识大相径庭，这是影响三角洲研究深入的瓶颈问题。在前人研究基础上，我们梳理了3万多个钻孔资料，考察了数十个典型钻孔岩心，运用生物地层学、年代地层学和层序地层学的方法和思路，对研究区的地层及沉积相进行了重新划分，并与深海氧同位素阶段进行了对比，划分出SB3（基岩深度风化壳）、SB2（花斑黏土层2）和SB1（花斑黏土层1）等3条层序边界，他们分别代表MIS6、MIS4和MIS2的低海面时期。3条边界把三角洲沉积划分为下、中、上3层：下层含石排组（低水位域）、西南组（海侵水位域和高水位域）和三角组（海退水位域），属于MIS5；中层含上、下伶仃洋组（低水位域—海侵水位域—高水位域），埋藏较深，局限于珠江口～伶仃洋一带，属于MIS3；上层含杏坛组（低水位域）、横栏组（海侵水位域—最大海泛面）、万顷沙组和灯笼沙组（高水位域），属于MIS1。层序时空分布特征表明，研究区经历了长期构造稳定阶段后，发生由北北西向南南东方向的掀斜下沉并接受沉积，下沉到现今海平面位置的时间不早于MIS7（≤250ka）。在三角洲东部地区，早期（250ka~160ka）最大下沉速率小于0.6mm/a；晚期（160ka~今）减缓，最大值约0.16mm/a；从250ka至今的平均下沉速率约0.34mm/a；在三角洲西部地区，平均下沉速率约是东部的1/2，为0.15mm/a左右。由于冰期海面下降幅度和速度远大于新构造下沉幅度和速度，MIS6深切河谷切穿厚层基岩风化壳而达新鲜基岩，深切峡谷被后期海侵层掩埋，形成埋藏古峡谷，峡谷最深达-126m左右，该深度是地动型和水动型海平面变化相互叠加的结果，并不说明盛冰期低海面溯源侵蚀达到的深度。MIS5海面高出MIS1海面5~7m，但在研究区的海侵范围却小于MIS1，暗示三角洲地区海平面升降与新构造持续下沉的叠加作用。在长期构造稳定和外力风化剥蚀背景下，三角洲地区形成了星罗棋布的低矮山地+宽阔台地+“过路河”的亚热带准平原地貌景观；该准平原因新构造掀斜下沉而被晚更新世以来的松散沉积层覆盖，古准平原面貌仅显现于“丹灶台地”、“番禺台地”一带。
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